El 16 de mayo se jugó dicho encuentro en el campo de Torrero en Zaragoza, con victoria valencianista por 2-1. Así, un año más, pantalon de real sociedad el Athletic quedó prematuramente eliminado de la competición copera. Tras la emocionante victoria liguera, el Athletic Aviación afrontó la Copa con la esperanza de conseguir un nuevo título. Tras la decepción liguera, el Atlético se fijó como objetivo la Copa, una competición que nunca se le había dado bien. No se escribe cuando se le encapricha a una junta directiva», agregó Elizegi. La fase previa del Campeonato de España consistía en una eliminatoria a partido único en terreno neutral. La ida se jugó en el Metropolitano el 19 de mayo, y los locales superaron a los visitantes con un resultado de 4-3. Una semana después, el Racing se impuso por 2-1 en el Sardinero, forzando un partido de desempate. De esta forma, finalizó una temporada decepcionante para el Atlético Aviación.
La última vez que jugaron la Europa League fue en la temporada 2014/15 cuando cayeron eliminados en la fase previa por el Krasnodar. No jugó con la selección española, pero sí con la de Euskadi (9 veces), equipo al que llegó a capitanear. El equipo madrileño peleó el campeonato hasta el final. Sin embargo, la ausencia de gran cantidad de jugadores enviados al frente, retrasaron su organización hasta el final de la contienda. De los jugadores que habían jugado en el Athletic de Madrid, muchos fallecieron durante la guerra. El Athletic temía esta posibilidad que le relegaría al puesto de tercero en discordia entre los equipos madrileños.
Aquella temporada el formato variaba ligeramente: el primero se clasificaba para la Copa de España, mientras que el segundo y el tercero deberían jugar una fase previa. El curso pasado perdió tres en toda la temporada. Los colchoneros empezaron con mal pie el campeonato, y arrastraron su pésimo arranque liguero durante toda la temporada y finalizaron en un discreto octavo puesto, a tres puntos del Español, que jugó la promoción. El Campeonato Superregional fue el primer reto de la temporada. En aquella ocasión pasó a llamarse Campeonato Superregional Castilla-Cantabria-Aragón. Sin embargo, el Madrid y el Athletic deseaban competir, así que intentaron unirse al Campeonato Superregional Levante y Murcia.
Los nacionales, que estaban dominando la guerra y veían cada vez más cerca la victoria, recompusieron la Real Federación Española de Fútbol, uniforme real sociedad 2020 y empezaron las gestiones para que la FIFA la reconociese como representante del fútbol español. La directiva acuerda por unanimidad dirigir una carta al Excelentísimo Ministro agradeciéndole las atenciones que con este club ha tenido el Ejército del Aire desde hace varios años. Entre tambores taiko y una gran expectación, Shinji Kagawa (Kobe, Japón, 1989) era presentado como nuevo jugador del Real Zaragoza el pasado verano. Aquel año jugaron sus partidos como locales en Chamartín, excepto el último, que lo disputaron en un reformado Vallecas. Además, desde mayo se venían realizando las obras de restauración del Estadio Metropolitano, que pasaría a albergar a 45.000 espectadores. El sexto y el séptimo también pueden clasificarse, dependiendo de lo que pase en las dos competiciones de copa, la FA cup y la Copa de la Liga.
Se jugó el 28 de mayo en Chamartín, y el Athletic pasó a la siguiente ronda gracias a su victoria por 3-1, merced a dos tantos de Lafuente y uno de Chacho, que remontaron el gol de Ibarra. Sin embargo, una semana más tarde, el conjunto colchonero forzó el desempate con una victoria por 2-1 en Mestalla. Fue en 1909 cuando una escisión en el seno del equipo sevillano formó el Betis Foot-Ball Club, producida por la negativa de los hispalenses a aceptar en su equipo al hijo de un obrero. Al año siguiente volvió a su antiguo club, para poder continuar en su ciudad con los estudios de medicina que había dejado aparcados para jugar en Madrid.