En las temporadas 2005/06 y 2006/07 el Athletic pasó por uno de los peores momento de su historia, unos años que llegaron a ser calificados por sus aficionados como el «bienio negro». Durante las tres siguientes temporadas 2004/05, 2005/06 y la 2006/07 lo poco destacable del Athletic fueron las incorporaciones al primer equipo de jugadores como Fernando Llorente, Aritz Solabarrieta, Fernando Amorebieta o Beñat Etxebarria. Cuando los jugadores del Athletic salieron en autobús desde el hotel hasta el estadio, camiseta bilbao 2023 una extensa marea de aficionados les despidió al grito de «a por ellos»; lo mismo ocurrió al llegar al estadio. Al finalizar el partido los aficionados rojiblancos invadieron el campo pacíficamente para felicitar a los jugadores por el triunfo. Estos jugadores sumado a otros que ya estaban como Josu Urrutia, Aitor Larrazabal, Bittor Alkiza, Rafael Alkorta, José Ángel Ziganda o el propio Julen Guerrero, hicieron posible el regreso a la Liga Europa de la UEFA. La 1994/1995 y 1995/1996 fueron dos temporadas nefastas para el Athletic, en las que la única estrella que brillaba era la de Julen Guerrero, quien con su juego y sus goles hacía entusiasmar a la afición de San Mamés. Lamikiz cesó a Javier Clemente, después que el técnico cuestionase públicamente la política de fichajes del club durante la concentración de pretemporada.
En la temporada 1985/86 Javier Clemente deja el banquillo del Athletic (jornada 21) para ser ocupado de nuevo por Iñaki Sáez. Corría la temporada 1981/82. Javier Clemente, recién incorporado al banquillo de la primera plantilla, tomó su primera gran decisión; eligió a Andoni Zubizarreta como portero titular en detrimento de Andoni Cedrún. Se celebró un partido de homenaje en su honor, que enfrentó a la selección de Inglaterra contra el propio Athletic, siendo la primera vez que la selección inglesa se enfrentaba a un club convencional en vez de a una selección. Con estos tiki mugs seguro que puedes dar el toque tiki a cualquier cóctel. El primer penalti lo tiró Ezquerro para el Athletic y lo falló (curiosamente los dos jugadores que fallaron los penaltis del Athletic, Ezquerro y Asier del Horno, se marcharón del Athletic ese mismo verano) a continuación el Betis marcó y el Athletic cayó eliminado de la Copa del Rey. Los bilbaínos intentaron salvar la temporada ganando la final de la Copa frente al Betis. En la prórroga el Betis estaba agotado y encerrado en su campo, realizando alguna contra con peligro. El fichaje de Ríos sería el segundo refuerzo en la era de Fernando Hierro, director deportivo del Guadalajara.
Se fichó al defensa Aitor Karanka, el cual se había marchado al Real Madrid C. F. en 1997 para regresar ya como jugador veterano en sustitución de Roberto Ríos, que se retiraba ese año tras pasar desapercibido la mayor parte del tiempo, a pesar de haber sido el fichaje más caro de la historia del club. Incluye un adaptador que permite usarlo con cuatro pilas AAA. A esto se le sumó el tener que enfrentarse de nuevo a los cuatro grandes de la liga, teniendo que disputar la vuelta de la semifinal en medio de esos cuatro partidos tan complicados. Y en la vuelta, el equipo azulgrana no pudo pasar del empate a uno en el Camp Nou, lo que dio al Athletic el pase a semifinales. La temporada de 1984/85 marcó el inicio del fin de la generación del último doblete. Txetxu Rojo terminó destituido nada más acabar la temporada.
Txetxu Rojo sería el encargado de dirigir al equipo en la nueva temporada 2000/01, con una plantilla de transición que mezclaba la juventud de las jóvenes promesas como Asier del Horno, Fran Yeste, Pablo Orbaiz o Dani Aranzubia con la veteranía de los Josu Urrutia, Bittor Alkiza, Aitor Larrazabal o Rafael Alkorta. Durante el transcurso de la temporada 2007/08 el guardameta titular Gorka Iraizoz sufrió una lesión que le impidió seguir jugando durante 3 meses, en los cuales se hizo cargo de la portería Dani Aranzubia. Y tenía razón, solo una temporada después se logra el primer título. Por esa razón, como empresa de serigrafía en Bilbao, nuestros usuarios nos recomiendan y siempre repiten con nosotros. Su primera decisión importante fue contratar a Jupp Heynckes como entrenador del Athletic para los dos años siguientes. La centrocampista llega procedente del Saprissa de Costa Rica y vivirá su primera experiencia en el fútbol mexicano. Un espejismo, ya que la primera jornada de Liga abriría las esperanzas de la parroquia blanquiazul, al ganar por 4 goles a 1 al Alavés, con hat trick del neerlandés Makaay. 19 de agosto. La Asociación de jugadores de fútbol españoles (AFE) se fue a un parón debido a sueldos sin pagar para jugadores en las máximas divisiones del fútbol español junto a clubes que han entrado en administración financiera.