Europa por 1-0. Socialmente el club gana adeptos y San Mamés se amplia con nuevas gradas. Era el verano de 2004 y el Atlético de Madrid se veía obligado a jugar la Copa Intertoto para poder entrar en Europa. Constatada la retirada de los vizcaínos, decepcionados los azulgranas por no poder actuar ante sus desafiadores, estos comunican igualmente su incomparecencia y en esas, Carlos Padrós, hermano del presidente madridista y en vistas al probable fracaso que le viene encima, empleando todas su dialéctica intercede a toda prisa para que unos y otros recompongan su actitud en beneficio del Concurso consiguiéndose, tras unos días de intenso diálogo a cuatro bandas donde Padrós ejerce de mediador, que los vizcaínos aceptan su presencia bajo la condición de acudir a Madrid no por separado sino con un combinado formado por lo mejor de las dos sociedades, el Club Bizcaya, inscribiéndose dicho team en el Concurso final y sorprendentemente como Vizcaya-Bilbao. En el Campeonato de Liga se convierte en el gran dominador siendo el club más admirado de todo el estado, pues en la temporada 30/31 es Campeón en un triple empate con Real Racing Club de Santander y Real Sociedad de Foot-ball, en la 31/32 es subcampeón a tres puntos del Madrid F.C., en la 32/33 nuevamente subcampeón tras los merengues y en la campaña 33/34 Campeón absoluto.
El único título de Liga se obtiene la campaña 55/56, lo que le da derecho a participar por primera vez en la Copa de Europa, en la que es eliminado en octavos ante el Liverpool F.C.. En la campaña 29/30 consigue su primer título de Liga sin perder un solo encuentro. En la temporada 34/35 es cuarto, segunda equipacion athletic mientras que en la 35/36 consigue su tercer título de la década. Durante la primera década del Siglo XX el fútbol bilbaíno es, junto al barcelonés, el más aventajado de todo el país seguido a corta distancia por el madrileño y en la ciudad, al margen de Bilbao F.C. A destacar que es la primera década en la que no obtiene título alguno, ni en Liga ni en Copa, siendo este último un torneo del que era clásico en todas sus ediciones. Su gran cantera de Lezama no rinde los frutos esperados durante los noventa, pese a la entrada de nuevos valores procedentes del filial, y el club entra en una crisis evidente de resultados. La directiva bilbaína, consciente de la crítica situación por la que ha pasado el club en los últimos tiempos, impulsa el fútbol en los centros colegiales animando a los chavales su práctica para con los más destacados del día de mañana revitalizar su débil cantera y lo mismo sucede con la Universidad de Deusto, institución que promueve el fútbol para recuperar parte de los clubs que de ella salieron apenas hace unos años.
El 29 de enero de 1907 queda formalizada la junta directiva del Club Bizkaya con Alberto Zárraga como presidente y Juan Arzuaga ostentando la capitanía de un potente club que pasa, a nivel deportivo, a estar por encima de athléticos y unionistas vistiendo camisa blanca con pantalón azul oscuro y superando en número de socios a ambos con más de trescientos adscritos frente al centenar escaso de los dos tradicionales. Lo que suena como un rumor, pronto toma visos de realidad programándose varios encuentros entre los primeros equipos de cada club con el fin de hacer una selección pero, no bajo el formato de un ocasional equipo como se hizo en 1902, sino bajo el paraguas legal de una sociedad con Estatutos y directiva convencional que pueda acudir al Campeonato de España sin el temor de ser rechazada por no cumplir con los requisitos legales. El combinado bilbaíno, denominado Club Bizcaya en su tierra y Club Vizcaya, incluso Vizcaya Athletic Club en la prensa nacional, ocasiona acto seguido que los barcelonistas también reconsideren su predisposición y queden definitivamente inscritos, aunque a regañadientes, al ser conscientes de la gran potencialidad que el combinado vizcaíno pueda reunir.
Recién estrenados los años veinte, el club conquista el Campeonato del Norte en las ediciones 1920 y 1921, pasando desde 1922 a ser denominado Campeonato de Vizcaya por la separación de Guipúzcoa. En la Copa del Rey se pierde la Final disputada en Madrid ante el Racing Club de Irún: 2-2 tras prórroga en el primer encuentro y 0-1 en el segundo encuentro de desempate. Vigo F.C., dos sociedades a las que estiman como no inscritas en el Registro Civil contrariamente a lo establecido en las normas del torneo y cuyos partidos impugna, han de verse las caras ante los madridistas cuando, según lo establecido, camiseta athletic bilbao el título había de viajar a Bilbao. 15 de noviembre de ese año una trascendental reunión para dilucidar el futuro del club ante la falta de entrenamientos, encuentros y pago de cuotas de los asociados optándose, para fortuna del club, seguir en activo. Con Enrique González de Careaga en la presidencia, durante los años 1904 y 1905 el Athletic Club apenas disputa encuentros convirtiéndose The Union F.C. Los encuentros son disputadísimos y la fortaleza de los donostiarras puede con los bilbaínos quienes, sorprendidos por su alto nivel, proponen a los guipuzcoanos crear un team combinado por lo mejor de ambos que represente al fútbol vasco en el máximo torneo nacional.