Tras la desaparición del último equipo campeón, el Athletic se vio inmerso en un periodo de declive que comenzó en la temporada 1986-87, con José Ángel Iribar como técnico. El ocaso de esta generación de campeones se empezó a fraguar en la temporada 1984-85, con la eliminación de la Copa de Europa a las primeras de cambio a manos del Girondins de Burdeos, la final de Copa perdida ante el Atlético de Madrid o el desilusionante tercer puesto en liga. En esa temporada, el Athletic también aspiró a ganar la Liga y además llegó a la final de la Copa del Rey, pero al final terminó con las manos vacías, al ser derrotado en la tanda de penaltis por el Betis. Durante la década de los 90 creó un equipo que mezclaba descartes de los grandes equipos de España y estrellas extranjeras como Bebeto, Mauro Silva, Rivaldo, Djalminha o Roy Makaay, lo que le hizo ganar varios títulos a nivel nacional y ser un fijo en competiciones europeas hasta mediados de la década de los 00. La última etapa de su mandato se vio enturbiada por importantes problemas económicos, desavenencias con Hacienda y con varios medios de comunicación.
Tras una década de pocos logros, en la década de 1970, el Athletic volvió a la senda de los éxitos. Este equipo pasaría a ser conocido en la historia del Athletic como «el equipo de los once aldeanos», ya que el presidente del club, Enrique Guzmán, durante la celebración del título gritó emocionado: «¡ En 1969 el club cumplía su 50.º aniversario y se quería hacer algo importante, pero resultó ser una campaña bastante discreta. En el año 2005 se produce un cambio de himno, este nuevo himno, conocido como «Almería Unión», nació oficialmente en junio de 2005. Este segundo himno fue creado por Guillermo Fernández tras una propuesta realizada por el presidente de la Peña «La Unión», Ángel García. Para sustituir a Ernesto Valverde en el banquillo, la junta directiva contrató a José Luis Mendilibar, proveniente de la S. D. Eibar de Segunda División, el cual fue cesado debido al nefasto inicio de Liga (el segundo peor de la historia del Athletic). Sin embargo, la regla del gol visitante dio la victoria al equipo italiano, que se alzó con el título en el mismo San Mamés.
El resto, habían emigrado de España o fichado por otros equipos; Blasco y Cilaurren ficharon por el River Plate argentino, y Zubieta e Iraragorri se fueron al San Lorenzo de Almagro. Jugador con más títulos ganados con el club: Gregorio Blasco (16 títulos). Cabe reseñar que en 1975, Carlos Ruiz Herrero obtuvo el último trofeo pichichi para un jugador rojiblanco. En la temporada 1967-68, el goleador del equipo, Fidel Uriarte, se hizo con el Trofeo Pichichi con tan solo 23 años. También fue subcampeón de Liga en las temporadas 1940-41, 1946-47 y 1951-52, y de Copa en los años 1942, 1949 y 1953. Cabe destacar los seis Trofeos Pichichi conseguidos por Zarra durante este tiempo. Esta ubicación le permitió volver después de 18 años a la Copa Libertadores de América. El Athletic organizó un torneo amistoso, entre noviembre de 1937 y abril de 1938, en el que participaron 39 equipos vizcaínos con futbolistas mayores de quince y menores de diecinueve años.
Al considerar que los jugadores disponibles no eran de garantías para afrontar dicho torneo, el Athletic decidió participar con un nombre diferente, al fin de no ensuciar la imagen del original. En 1960, el Athletic vendió al veterano defensa Garay al F. C. Barcelona por 5’5 millones de pesetas, lo que supuso la primera venta millonaria de la historia del club. En las temporadas 1965-66 y 1966-67 el Athletic logró alcanzar la final de Copa, pero en ambas ocasiones salió derrotado; no fue hasta 1969 cuando el Athletic volvió a proclamarse campeón de Copa. Un hito importante en la historia del Athletic, fue la final de Copa de 1958. En dicha ocasión, los “leones” se midieron al «Real Madrid de Di Stéfano», que llegaba siendo campeón de Liga y Copa de Europa. El Athletic acabó la temporada proclamándose campeón de liga por octava vez en su historia. Adidas también lució el primer gran patrocinador de la institución: La firma de calzados Rigazio apareció por primera vez en 1983 como aviso publicitario. En el partido de vuelta, el portero Carmelo se lesionó gravemente en la primera mitad, tras un duro golpe en la rodilla propinado por un rival.