A nivel continental, ha disputado cinco ediciones de la Copa de la UEFA, una de la Recopa de Europa y cinco de la Liga de Campeones, consecutivamente entre 2000 y 2005, alcanzando las semifinales en 2004 y siendo el sexto club español con más participaciones en la competición y el cuarto con más participaciones consecutivas. El Deportivo fue el encargado de abrir el torneo ante el Club Español de Madrid, equipo ya desaparecido, pero que entonces disputaba el predominio capitalino al Real Madrid y al Atlético de Madrid.