Con esto se frenaba una racha de dos nueva camiseta del real madrid años sin títulos. En 1979 asumió Uli Hoeneß el cargo de entrenador a la edad de 27 años y relevó así al consejero de Beckenbauer, Robert Schwan. En 1977 Franz Beckenbauer se fue a jugar al New York Cosmos y en 1979 Sepp Maier y Uli Hoeneß se retiraron, en tanto que Gerd Müller fue fichado por el Fort Lauderdale Strikers. El 27 de septiembre de 2009, en su primer partido como titular, marcó su primer tanto en el triunfo ante la SD Huesca (2-0) en Anoeta. Copa de Europa», y anotaría al 57′ el único gol del partido ante el Saint-Étienne para ganar por tercera vez la Copa de Campeones de Europa. Cabe destacar que el partido de Copa dipustado fue la final por el título de campeón que se jugó el 21 de junio de 1936, a menos de un mes del inicio de la Guerra Civil Española.
El equipo notó sus ausencias durante tres años en los que no consiguió ningún título. El trofeo final que ganó el Bayern, fue la Copa Intercontinental, en la cual derrotó al Cruzeiro de Brasil durante el segunda medio tiempo, mientras que perdió nuevamente la Supercopa de Europa, esta vez ante el Anderlecht. El reinado de Hitzfeld acabó en 2004, a causa de esto el Bayern perdió desempeño, incluyendo una derrota en la Copa de Alemania contra el Alemannia Aachen, real sociedad camiseta verde equipo de la 2. Bundesliga. El veterano técnico Jupp Heynckes, que llevó al Bayer Leverkusen al subcampeonato en la 1. Bundesliga 2010-11, sería el nuevo entrenador del Bayern para la temporada 2011-12, la cual sería su tercera etapa al frente del club bávaro. Sus sucesores como directores técnicos, Giovanni Trapattoni y Otto Rehhagel, terminaron sin trofeos después de la temporada, no cumpliéndose las altas expectativas del club. Durante este tiempo los jugadores del Bayern aparecían a menudo en las páginas de la prensa rosa en vez de las páginas deportivas, dando por resultado que lo apodaran el «FC Hollywood».
Durante las siguientes décadas la equipación no sufrió grandes modificaciones, aparte de pequeñas modernizaciones para adecuarla a los nuevos tiempos. Durante la década de los años cincuenta ambos conjuntos dominaron las dos principales competiciones de España. La década de los años 1980 fue un período de confusión para el Bayern, con muchos cambios de personal y el advenimiento de los problemas financieros. 1 de julio tras haber firmado un contrato de dos años. Ya como campeón, el Bayern pierde por 1:0 ante el Augsburgo y pone fin a una racha de 53 partidos sin perder y 65 consecutivos marcando. El 10 de febrero inició una racha goleadora de cuatro goles en cuatro partidos (Levante, Atlético de Madrid, Villarreal y Almería). Estos estudiantes vizcaínos, y algunos disidentes del Madrid, decidieron montar una sucursal del Athletic en la capital para contrarrestar el creciente poder blanco. Desde 1996 hasta el 2003, Llorente fue pasando por las diferentes categorías del Athletic participando en la División de Honor Juvenil y en la Copa del Rey Juvenil de Fútbol.
El Bayer Leverkusen eliminó al Bayern en los octavos de final de la Copa de Alemania. Van Gaal logró reconducir la situación y llevar al Bayern a los octavos de final de la Liga de Campeones, donde tuvieron a la Fiorentina como su adversario. En la temporada de 2010-11 fueron eliminados en la ronda de octavos en la Liga de Campeones de la UEFA 2010-11 por el Inter de Milán, por la citada regla de goles fuera de casa. En la semifinal de Liga de Campeones eliminó al Barcelona con un global de 7:0 para los alemanes. Bayern terminó cuarto en la temporada de 2006-07, así que no pudo clasificarse para la Liga de Campeones por primera vez en más de una década.
«Le dije que siguiéramos», explicó Isak, en un gesto quizá de madurez, quizá de inconsciencia. Es también la Liga de Osasuna, otro recién ascendido que aún no ha perdido un solo partido, con El Sadar siempre como guarida. En aquella época, también llamó la atención de los clubs, tanto por su físico como por sus dotes técnicas, F.C. Creo que he mejorado muchísimo en ese aspecto tanto dentro como fuera del campo. En el campo su actuación en 2006-07 no fue la esperada. El 25 de mayo, el Bayern se proclamó campeón de la Liga de Campeones de la UEFA tras ganar 2:1 al Borussia Dortmund en el estadio de Wembley. Poco más tarde, el Bayern conquistó la Liga de Campeones de la UEFA por cuarta vez después de una brecha de 25 años, derrotando al Valencia en la final en la tanda de penaltis. Ese resultado envió al equipo de Múnich a la final de la Liga de Campeones una década después.